大量的研究报告指出，几乎所有的人工合成色素都不能向人体提供营养物质，某些合成色素甚至会危害人体健康，导致生育力下降、畸胎等等，有些色素在人体内可能转换成致癌物质。危害包括一般毒性、致泻性、致突性（基因突变）与致癌作用。
一、对儿童的危害：
1、引发儿童行为过激。人们普遍感觉现时的小孩越来越任性、顽皮、反叛、情绪不稳定、脾气暴躁、自制力差，越来越难管了，这与过量进食那些令少年儿童偏爱的诱人彩色零食中的合成色素有关。最新科学调查研究证明：“小儿多动症”、少儿行为过激与长期过多进食含合成色素食品有关。有关专家研究指出：少儿正处于生长发育期，体内器官功能比较脆弱，神经系统发育尚不健全，对化学物质敏感，若过多过久地进食含合成色素的食品，会影响神经系统的冲动传导，刺激大脑神经而出现躁动、情绪不稳、注意力不集中、自制力差、思想叛逆、行为过激等症状。
2、食用人工色素会影响儿童智力发育。英国南安普敦大学应英国食品标准局请求，进行食用人工色素对儿童发育影响的研究，研究结果发现，包括酒石黄和落日黄在内的7种人工色素可能会使儿童智商下降5分。
3、由于小儿肝脏解毒功能、肾脏排泄功能不够健全，进食合成色素，致使大量消耗体内解毒物质，干扰体内正常代谢功能，从而导致腹泻、腹胀、腹痛、营养不良和多种过敏症，如皮疹、荨麻疹、哮喘、鼻炎等。
二、在化妆品中的危害：
       科研人员在对人工色素进行化验近年来，由于色素导致的皮肤病急剧增加，已成为医学界、美容界及化妆品界的专家们研究的一大课题，以至于他们给这种新型的皮肤病取名叫“化妆美容病”。
有研究人员指出，化妆品中的色素与人类皮肤的色素沉着有一定的关系。色素沉着是在正常皮肤上出现的褐色斑点，严重影响形象，与人类使用化妆品的用心背道而驰。
研究人员说，化妆品中所含的色素也属焦油衍生物，长期使用会对光线发生敏感反应，从而导致色素沉着。化妆品引起的色素沉着多数还伴有皮肤潮红、丘疹等炎症现象。口红是人们最常用的化妆品之一，由于它是涂在嘴唇上的，很容易在吃饭时溜到体内。
一般来说，咽下微量口红对身体不大可能造成危害，但是口红中含有色素，长期使用会产生蓄积作用，对机体造成潜在危害。
色素还是导致人们对化妆品过敏的重要原因之一。
常常引起烧灼、瘙痒、表皮剥脱、轻微疼痛等过敏症状。
三、人工色素的致癌性：
       前苏联在1968—1970年曾对苋菜红这种食用色素进行了长期动物试验，结果发现致癌率高达22%。美、英等国的科研人员在做过相关的研究后也发现，不仅是苋菜红，许多其它的合成色素也对人体有伤害作用，可能导致生育力下降、畸胎等等，有些色素在人体内可能转换成致癌物质。特别是偶氮化合物类合成色素的致癌作用更明显。偶氮化合物在体内分解，可形成丙种芳香胺化合物，芳香胺在体内经过代谢活动后与靶细胞作用而可能引起癌肿。此外，许多食用合成色素除本身或其代谢物有毒外，在生产过程中还可能混入砷和铅。过去用于人造奶油着色的奶油黄，早已被证实可以导致人和动物患上肝癌，而其它种类的合成色素如橙黄能导致皮下肉瘤、肝癌、肠癌和恶性淋巴癌等。